Bakugan Gundalian Invaders é a terceira temporada. Novamente, os
protagonistas remanecentes são Dan, Marucho e Shun, enquanto Runo, Julie e Alice continuam como secundárias. Acidentalmente, os três acabam se metendo em uma guerra espacial entre as raças Neathian e Gundalian. Dessa vez, eles devem derrotar os Gundalians, que pretendem explodir Neathia, o planeta dos Neathian, e possivelmente a Terra. Os novos personagens são; a princesa Neathian Fabia Sheen, o adolescente humano Jake Vallory e o Gundalian Ren Krawler.